Dados do Trabalho

Título

Investigação Genômica do SARS-CoV-2 na região Norte e Nordeste do Brasil no período de março de 2020 a julho de 2022

Introdução

O SARS-CoV-2 tem se diversificado em várias linhagens filogenéticas que refletem correntes de transmissão em curso. Portanto, estudos que visem avaliar a dinâmica de circulação das variantes são essenciais para vigilância global deste vírus.

Objetivo(s)

Este estudo buscou descrever a diversidade de linhagens de SARS-CoV-2 durante o período de março de 2020 a julho de 2022 na região Norte e Nordeste do Brasil.

Material e Métodos

O Sequenciamento Genético de Nova Geração por amplicon foi efetuado utilizando a plataforma NextSeq Illumina® sequencing systems. Para as inferências filogenéticas, foi feito o alinhamento das amostras, juntamente com as cepas de referência depositadas no GISAID utilizando o software Mafft. Um total de 797 genomas completos de SARS-CoV-2 foram analisados. A região Norte do Brasil contribuiu com 65,7% (524) e a região Nordeste com 34,3% (273) dos genomas recuperados.

Resultados e Conclusão

A análise filogenética demonstrou o agrupamento com 19 grupos genéticos distintos. Considerando as linhagens mais circulantes no período de estudo, entre as SE 11 a SE 30 de 2020, os casos de SARS-CoV-2 foram associados às linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33. A partir da SE 42, os casos de COVID-19 foram relacionados à variante Zeta/P.2. Posteriormente, a VOC Gamma/P.1 dominou o cenário de circulação até a SE 28 de 2021. A partir da semana subsequente, houve uma diminuição significativa desta variante concomitante a introdução da VOC Delta que circulou até a SE 51, posteriormente foi identificado o predomínio da VOC Omicron. Nove sublinhagens da variante Gamma/P.1 (344) foram identificadas, sendo a P.1.7 a mais frequente (10%). Para a VOC Delta (94), 16 sublinhagens foram detectadas, sendo a AY.99.2 representando a maioria (49%). Por fim, nove sublinhagens da variante Omicron (65) foram notadas, das quais a BA.1.1 foi a mais frequente (27,7%). Neste cenário, os achados expõem a ampla diversidade genética do SARS-CoV-2, com a circulação de diferentes linhagens e sublinhagens. Somado a isto, após a introdução de uma nova variante, a anterior, em sua maioria, perde potencial de dispersão e por vezes não é mais detectada. Assim sendo, estudos que visem a vigilância genômica do SARS-CoV-2 são de extrema importância, pois fornecem uma melhor compreensão da sua circulação, provendo informações relevantes para o desenvolvimento de novas estratégias de prevenção e controle das infecções, especialmente no que se refere ao impacto dos imunizantes utilizados.

Palavras-chave

SARS-CoV-2
Análise Filogenética
Vigilância Genômica