Dados do Trabalho

Título

Vigilância genômica dos vírus Dengue, Zika e Chikungunya entre os anos de 2015 e 2020 na região sul do Brasil

Introdução

Arboviroses são um dos principais problemas para saúde pública no mundo, com alto número de casos principalmente nas regiões tropicais e subtropicais, com o número estimado de mortes podendo atingir cerca de dois milhões por ano. No Brasil, em 2021 foram registrados mais de 600 mil casos prováveis de arboviroses. Os três principais arbovírus circulantes são Dengue (DENV), Zika (ZIKV) e Chikungunya (CHIKV), causadores de epidemias anuais em todas as regiões. O padrão ouro para diagnóstico dessas doenças é realizado através de PCR, no entanto, com essa técnica não é possível acompanhar a evolução e adaptação desses vírus nas populações. A técnica capaz de caracterizar a arquitetura genômica desses arbovírus é o sequenciamento do genoma completo, realizado através do sequenciamento de nova geração capaz de fornecer um grande número de informações genéticas como mutações, recombinações e até surgimento de novas linhagens.

Objetivo(s)

Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi realizar o sequenciamento de genomas dos vírus DENV, ZIKV e CHIKV coletados entre 2015 e 2020 na região sul do Brasil visando compreender sua epidemiologia, rotas de entrada e evolução viral.

Material e Métodos

Amostras de soro humano coletadas pelos LACENs Rio Grande do Sul e Paraná e previamente diagnosticadas como positivas para DENV, ZIKV e CHIKV por PCR em Tempo-Real (RT-qPCR) foram enviadas para sequenciamento genômico no Instituto Aggeu Magalhães (FIOCRUZ-PE). Foi realizada a extração de RNA e em seguida a amplificação genômica por PCR Multiplex e visualização do produto amplificado em gel de agarose (1,5%). A biblioteca foi preparada com o Kit Illumina DNA Prep (Illumina) e o sequenciamento foi realizado na plataforma Miseq com o Kit Micro V2 300 ciclos, com capacidade de gerar 8 milhões de reads.

Resultados e Conclusão

A análise das sequências de DENV1 revelou cobertura média de 99,4% (desvio padrão de 0,14%) e profundidade média de 1848 X. As amostras de DENV2 apresentaram cobertura média de 99,95% (desvio padrão de 0,02%) e profundidade média de 1157 X. Dessa maneira, a metodologia de PCR Multiplex de amplificação genômica acoplada com o sequenciamento de nova geração foi capaz de gerar genomas de arbovírus com alta cobertura e profundidade.

Palavras-chave

Arbovírus, genoma, sequenciamento de nova geração.