Dados do Trabalho

Título

Identificação do grupo M. abscessus: os métodos atuais de identificação permitem a correta definição?

Introdução

Atualmente, o grupo M. abscessus é constituído por três subespécies, M. a. abscessus, M. a. bolletii e M. a. massiliense. A correta identificação destas subespécies é importante do ponto de vista clínico, dada a especificidade do esquema terapêutico, além de fornecer dados para a vigilância epidemiológica.

Objetivo(s)

O presente estudo teve como objetivo identificar as subespécies do grupo M. abscessus, por sequenciamento de genoma completo (WGS), que apresentaram resultados divergentes entre os testes comumente utilizados para identificação, sequenciamento por Sanger (SS) dos genes rpoB e hsp65, método PRA-hsp65 e Genotype NTM-DR.

Material e Métodos

206 isolados do grupo M. abscessus de origem pulmonar e extrapulmonar, recebidos entre 2010 e 2012 no Instituto Adolfo Lutz foram identificados pelos métodos PRA-hsp65, Genotype NTM-DR e SS dos genes hsp65 e rpoB. Sete isolados apresentaram divergências (3,4%) na identificação de subespécies. Para resolução da identificação, o genoma completo dos sete isolados foi sequenciado em plataforma MiSeq, Illumina. A qualidade do sequenciamento foi analisada com FastQC. O mapeamento das leituras e posterior chamada de variantes foram realizadas com BWA-MEM e FreeBayes, respectivamente, contra o genoma de referência Mycobacterium abscessus ATCC 19977. Uma matriz de SNPs core foi gerada para a análise filogenética e identificação das subespécies.

Resultados e Conclusão

A identificação de variantes resultou de 797 até 82.188 SNPs, compreendendo as três subespécies, indicando alta variabilidade. A análise filogenética obtida pelo WGS mostrou que três isolados identificados como M. a. massiliense pelo hsp65 e NTM-DR são M. a. bolletii e estão mais próximos filogeneticamente a cepas de M. a. massiliense, enquanto que quatro isolados identificados pelo rpoB como M. a. abscessus são M. a. bolletii, filogeneticamente próximos a M. a. abscessus. Dado que o método PRA-hsp65 não consegue separar as subespécies M. a. bolletii e M. a. massiliense, agrupando-as em “M. abscessus tipo 2”, houve alta concordância (85,7%). Por meio da técnica de WGS foi possível observar que a subespécie M. a. bolletii possui variabilidade genética a qual não é detectada pelos métodos de PRA-hsp65, SS dos genes rpoB e hsp65 e genotype NTM-DR. Apesar da limitação da amostragem do estudo, os resultados sugerem a necessidade de reavaliação das metodologias para identificação de micobactérias do grupo M. abscessus.

Palavras-chave

Sequenciamento do Genoma Completo, Mycobacterium abscessus subespécie bolletii, Análise Filogenética