Dados do Trabalho

Título

Caracterização Metagenômica e Resistoma de infecções gastroentéricas em cães Institucionalizados da Amazônia Brasileira

Introdução

A metagenômica é uma abordagem eficiente ao conhecimento dos atributos taxonômicos e funcionais, além de fornecer um perfil da diversidade e abundância microbiana, para identificar novas perspectivas e inferências no monitoramento de doenças.

Objetivo(s)

Este estudo teve como objetivo utilização do sequenciamento shotgun e análises de Bioinformática para caracterização taxonômica, descrição da diversidade microbiana e identificação do resistoma, em metagenomas obtidos de amostras fecais provenientes de cães institucionalizados em Belém-PA.

Material e Métodos

O estudo envolveu a análise de 9 pools de amostras de swab retal, coletadas de abril de 2019 a março de 2020, provenientes de cães residentes nos canis do Centro de Controle de Zoonoses (8 pools) e da Universidade Federal Rural da Amazônia (1 pool). As bibliotecas genômicas foram preparadas com utilização do Kit Ion Xpress Plus Library Kit e sequenciadas no Sistema de NGS - Ion S5 (Thermofischer). A identificação e classificação taxonômica das leituras obtidas após sequenciamento foi realizada usando o Kraken 2, com análise interativa feita no Pavian R. Para análise da resistência antimicrobiana as leituras foram analisadas no Abricate e CARD. Os genes de resistência antimicrobiana (ARG) identificados foram apresentados de acordo com o mecanismo de resistência e classe de medicamentos aos quais conferem resistência.

Resultados e Conclusão

Foram identificadas 31 famílias virais e 370 famílias bacterianas, em destaque às famílias Parvoviridae, Astroviridae, Coronaviridae, Picornaviridae e Papillomaviridae, relacionadas a doenças virais entéricas e neoplásicas; os filos Proteobacteria e Firmicutes foram os mais abundantes, nos quais estiveram presentes as famílias Pseudomonadaceae, Enterobacteriaceae, Helicobacteraceae, Campylobacteraceae e Streptococcaceae. Dezessete genes de resistência antimicrobiana foram identificados (frequentes: InuC, tetQ, OXA-85, tetO, CfA6, QnrB5, tetW), os quais conferem resistência a tetraciclinas, lincosamidas, aminoglicosídeos, fluorquinolonas e glicopeptídeos. Os resultados observados descrevem o microbioma fecal de cães, com frequência elevada de Parvovirus (enterite hemorrágica em cães) e Proteobacterias (disbiose intestinal em carnívoros), demonstrando uma ampla abundância viral e bacteriana nas populações analisadas. Este estudo permitiu uma contribuição inovadora e significativa ao conhecimento da diversidade e taxonomia microbiana em animais, e dispersão de genes de resistência antimicrobiana.

Palavras-chave

metagenoma
Resistoma