Dados do Trabalho

Título

Ensaios de inferência como uma ferramenta para o fortalecimento da vigilância epidemiológica de SARS-CoV-2

Introdução

O impacto da pandemia de COVID-19 resultou em uma aplicação sem precedentes de estratégias de NGS para vigilância genômica. Contudo, o elevado número de casos não sequenciados evidencia a necessidade da utilização de estratégias adicionais, como ensaios de genotipagem de assinaturas moleculares virais.

Objetivo(s)

Objetiva-se apresentar evidências da aplicabilidade de técnicas complementares ao NGS para o fortalecimento da vigilância genômica de SARS-CoV-2, utilizando um laboratório de referência diagnóstica do SUS como modelo de aplicação.

Material e Métodos

Foram utilizadas amostras clínicas detectáveis para SARS-CoV-2, coletadas entre dezembro/2020 e fevereiro/2022 em Fortaleza e processadas pelo Laboratório Diagnóstico do HEMOCE/FIOCRUZ-CE. A seleção amostral e testagem foi realizada por meio de ensaios de inferência molecular (n=7.701), customizados (NSP6del9, Orf8-9a124ins4) ou comerciais (TaqPath S.K417T e S.L452R, ThermoFisher). Amostras triadas no controle de qualidade (ciclo limiar de detecção, CT<27) foram sequenciadas pela Rede Genômica da Fiocruz (plataforma Illumina MiSeq). Foram realizadas análises descritivas e testes estatísticos paramétricos e não-paramétricos.

Resultados e Conclusão

Dados obtidos por NGS (n=2.021/2.265) possibilitaram a identificação dos casos iniciais da VOC Gama (P.1-like) em janeiro/2021, da VOC Delta (B.1.617.2-like) em julho/2021 e da VOC Ômicron (BA.1-like) em dezembro/2021, observando-se sucessivas substituições de linhagens. Ensaios de inferência molecular permitiram maximizar a quantidade de amostras analisadas (n=7.435 vs. 2.021; 50,5% vs. 26,2%), com maior taxa de sucesso (96,5% vs. 89,2%), além de permitir análises de amostras com uma maior amplitude de CTs (p<0.001). Dentre as amostras testadas por ambos os métodos, houve elevada concordância de resultados (98,5%, n=1.838/1.866), ao mesmo tempo que a inferência molecular permitiu uma nítida constatação da persistência de linhagens não-VOCs co-circulando com VOC Gama até agosto de 2021. Em relação ao tempo de resposta, calculou-se que o ensaio de detecção dual ao diagnóstico permitiu uma análise em 0,92 dia após a coleta, em comparação com 13,4 para realização de sequenciamento e 33 dias para notificação de resultados. Nossos dados sugerem que a implementação de ensaios de inferência molecular na rotina laboratorial pode subsidiar análises mais rápidas e robustas para o monitoramento do cenário epidemiológico da COVID-19.

Palavras-chave

Genotipagem, vigilância genômica, COVID-19