Dados do Trabalho

Título

SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO DAS AMOSTRAS DE SARS-COV-2 POSITIVAS PARA IDENTIFICAÇÃO E MONITORAMENTO DAS VARIANTES CIRCULANTES NO ESTADO DE MATO GROSSO

Introdução

Considerando a circulação de um novo membro da família Coronaviridae, é essencial a atuação da Vigilância Genômica, a fim de possibilitar a identificação e o monitoramento das variantes circulantes, suas respectivas mutações virais.

Objetivo(s)

Apresentar o sequenciamento das amostras de sars-cov-2 positivas para identificação e monitoramento das variantes circulantes no estado de Mato Grosso.

Material e Métodos

Durante o período de 25 de outubro de 2021 até 08 de novembro de 2021, a equipe do LACEN-MT realizou o sequenciamento de 32 genomas completos do SARS-CoV-2, provenientes de pacientes com sintomas de infecção e diagnóstico positivo para COVID-19, referentes a 23 municípios do Estado. A escolha das amostras foi baseada na representatividade das regiões geográficas, atendendo aos critérios estabelecidos pela Vigilância Epidemiológica. Os genomas foram sequenciados com a tecnologia da Thermo Fisher Scientific (Ion Genestudio S5 Plus), tendo cobertura superior a 97% do genoma total. As amostras apresentaram valores de CT (cycle threshold) que variaram entre 14 e 33. As sequências genômicas obtidas foram analisadas pelo software Genome Detective- Coronavirus Typing Tool. A avaliação da linhagem foi feita com a ferramenta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages, seguindo a recente classificação dinâmica proposta por Rambaut et al (2020).

Resultados e Conclusão

Foi identificado a co-circulação de 03 linhagens diferentes do SARS-CoV-2 sendo eles: A VOC gamma ou P.1, responsável pela maioria dos casos em Mato Grosso, evidenciando as seguintes mutações na proteína S: N501Y(23063A>T), E484K (23012G>A), K417T(22812A>C), L18F (21614C>T), D138Y (21974G> T) , R190S (22132G> T), T1027I (24642C> T) , V1176F (25088G> T). A variante P.2 (zeta) esteve presente em 3% dos casos com as mutações E484K (23012 G>A), D614G (23403 A>G) e V1176F (25088 G>T). A VOC delta ou B.1.617.2 (3% dos casos) tendo as seguintes mutações na proteína S: T19R (21618C>G), G142D (21987G>A), E156G (22029_22034delAGTTCA), F157_R158del (22029_22034delAGTTCA), L452R (22917T>G), T478K (22995C>A), D614G (23403A>G), P681R (23604C>G), D950N (24410G>A). Conclusão: O sequenciamento do genoma é crucial para entender o percurso da transmissão e sua evolução ao longo do tempo. Ao desvendar o histórico do SARS-CoV-2, autoridades e pesquisadores podem adotar medidas adequadas para conter sua disseminação, além de realizar inferências filogenéticas mais detalhadas sobre a dispersão do vírus.

Palavras-chave

Pesquisa; Genética; Pandemia;