Dados do Trabalho

Título

MONITORAMENTO GENÔMICO DE SARS-CoV-2 ATRAVÉS IMPLANTAÇÃO DA TÉCNICA DE SEQUÊNCIAMENTO NO LACEN/PA

Introdução

A implantação de programas de sequenciamento exige um investimento substancial.

Objetivo(s)

Implantar a vigilância genômica do SARS-CoV-2 no Laboratório Central do Estado do Pará; Monitorar as mutações e variantes que circulam no Estado; Realizar o depósito no GISAID dos sequenciamentos obtidos.

Material e Métodos

Para a extração e purificação do RNA foi utilizado o kit NAT Plus da Bio-Manguinhos; a transcrição reversa e a segunda fita de cDNA foi obtida com o kit IDT Artic V4 NCoV – 2019 Panel; a biblioteca foi preparada utilizando o kit Illumina® DNA Prep; o sequenciamento foi realizado através da plataforma MiSeq (Illumina) com a utilização do kit MiSeq® Reagent v3 (600 ciclos); foi desenvolvido um ambiente computacional utilizando os programas Genome Detective, Aliview, RStudio e Pangolim, para o tratamento dos dados do sequenciador.

Resultados e Conclusão

Em 2021, o LACEN/PA recebeu do MS um sequenciador de nova geração (MiSeq), outros equipamentos complementares e computadores para implantação do Laboratório de Bioinformática. Com investimento do Estado o laboratório passou por adequações estruturais para comportar as bancadas de montagem da biblioteca, sequenciamento e análise de bioinformática, além de investir na especialização de servidores; em fevereiro de 2022, ocorreu o treinamento da equipe e a partir desta data a técnica de sequenciamento de nova geração foi iniciada no LACEN/PA. Desde então já foram sequenciadas 475 amostras dos diversos municípios do Estado do Pará. Foram consideradas as sequências com cobertura ≥ 80%. No mês de janeiro foi detectada a co-circulação das variantes Delta e Ômicron, nos meses de fevereiro e março apenas a Ômicrom da sublinhagem BA.1, no meses de abril e maio obsevou-se a circulação da Ômicrom BA.2 e em junho já foi obvervada a co-circulação das sublinhagens BA.2, BA.4 e BA.5 da variante Ômicron. As sequências obtidas foram depositadas no GISAID para contribuição à rede mundial de monitoramento de linhagens de SARS-CoV2. O rastreamento da disseminação e das mutações do SARS-CoV2 ao longo do tempo permitem uma melhor compreensão do vírus. O sequenciamento sendo realizado no próprio Estado agiliza a obtenção de dados sobre as linhagens circulantes bem como as mutações que possam impactar na patogenicidade, na transmissão ou nas medidas preventivas adotadas, fornecendo informações relevantes para a concepção de estratégias de prevenção e controle das infecções causadas por este vírus.

Palavras-chave

SARS-CoV2, Sequenciamento