Dados do Trabalho

Título

Identificação de isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae recebidos pelo Fluxo de Vigilância a Resistência Antimicrobiana do Mistério da Saúde/Instituto Evandro Chagas na região norte através de filogenias de genomas sequenciados

Introdução

Klebsiella pneumoniae é dos agentes patogênicos de grande risco em infecções nosocomiais com incidência em todo o globo e se tornou a espécie alvo prioritário, junto com outras espécies Gram-negativas de interesse, para a Organização Mundial da Saúde, pois além de fatores de virulência, essa bactéria possui um grande arsenal de genes de resistência aos antimicrobianos. A espécie é um dos principais agentes responsáveis por infecções hospitalares no Brasil, no entanto, a identificação da espécie ainda é escassa, principalmente as subespécies, e a incidência dessas subespécies em ambientes hospitalares ainda é desconhecida.

Objetivo(s)

Portanto, objetivou-se fazer a identificação de cinco isolados identificados como K. pneumoniae advindos do Fluxo de Vigilância a Resistência Antimicrobiana analisados pelo IEC oriundos de pacientes internados em hospitais na região norte do Brasil.

Material e Métodos

Para isso, as amostras foram sequenciadas pela plataforma Illumina MiSeq com bibliotecas pareadas de 150bp, montadas pelo programa SPAdes v3.15.2 e analisadas pela plataforma online TYGS a partir do gene 16S e genoma central dos isolados.

Resultados e Conclusão

A identificação dos genomas a partir do gene do 16S foi de três amostras para K. pneumoniae subsp. pneumoniae, uma para um clado entre K. singaporensis e K. variicola e uma para um clado com o sub-clado das espécies K. pneumoniae subsp. ozaenae e K. quasivariicola. A filogenia baseada no genoma completo identificou dois genomas como K. pneumoniae subsp. ozaenae, duas como K. pneumoniae e um isolado foi identificado como K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae 07A044, uma outra espécie do complexo K. pneumoniae. Apesar da cobertura do sequenciamento ser um viés dos genomas analisados, dados filogenéticos gerados a partir do gene 16S são mais robustos, porém apresentam baixa resolução para análise de genomas muito similares, o que não invalidam a filogenia com os genomas draft avaliados, tornando o genoma central um alvo melhor para este tipo de análise. Um resultado interessante foi a identificação da K. quasipneumoniae, uma espécie até o presente momento sem detecção pelo FVRA, o que corrobora o uso da biologia molecular para identificação de isolados clínicos auxiliados pela bioinformática como resposta a busca ativa de vigilância a resistência antimicrobiana.

Palavras-chave

Klebsiella pneumoniae, filogenia, patógeno hospitalar, identificação.