Dados do Trabalho


Título

Sequenciamento de Teste Rápido de Antígeno: Otimizações Metodológicas de NGS para Fortalecimento da Vigilância Epidemiológica do SARS-CoV-2 no Estado do Ceará.

Introdução

O aumento da adesão ao diagnóstico da COVID-19 por testes rápidos de antígeno (TR), ocasionou uma diminuição do encaminhamento de amostras para Vigilância Genômica. A presença de compostos biocidas no tampão de amostra faz com que o sequenciamento de TR resulte em variantes virais intra-hospedeiro (minor variants, MV) que prejudicam a qualidade das análises genômicas.

Objetivo (s)

Avaliar a eficácia dos métodos de purificação de bibliotecas genômicas na redução de MV de SARS-CoV-2 no sequenciamento de amostras de TR.

Material e Métodos

Foram utilizadas 28 amostras remanescentes de TR de pacientes residentes de Fortaleza (CE) e região metropolitana. As amostras foram processadas pelo Laboratório Diagnóstico do HEMOCE/UNADIG-CE e triadas no controle de qualidade (ciclo limiar de detecção, CT<25). As soluções de conservação utilizadas foram: (1) 4M isotiocianato de guanidina + 0.2M EDTA, (2) 4M isotiocianato de guanidina + 0.2M citrato de sódio, (3) água livre de nuclease, (4) meio de transporte viral (controle). As bibliotecas passaram por quatro subgrupos de purificação pré-desnaturação: (1) sem purificação (grupo controle), (2) remoção de dsDNA ≥250bp, (3) remoção de dsDNA >700bp e <150bp e (4) remoção de dsDNA >700bp e <200bp. A melhor condição foi avaliada a substituição das beads magnéticas ITB (Illumina Tune Beads) pelas beads ProNex® Chemistry da Promega na purificação final das bibliotecas. O sequenciamento foi realizado pela Rede Genômica da Fiocruz (plataforma Illumina MiSeq, protocolo COVIDSeq).

Resultados e Conclusão

Todos os grupos atingiram os parâmetros de referência mínimos para NGS (COV5x >90x e profundidade >400x), mas as amostras extraídas sem tampão de conservação apresentaram menores valores de MV(x̅=540 ± 258,47). Alternativamente, a purificação com beads ProNex Chemistry resultou em uma diminuição das MV (x̅=326 ± 165,4) e proporcionou maiores valores de cobertura (x̅=98,51 ± 1,52 vs 94,32 ± 1,7).
Os resultados indicam a possibilidade de aprimorar o sequenciamento genômico de amostras de TR, diminuindo a quantidade de mutantes sequenciados. Conclui-se que não é necessário adicionar soluções conservantes. Ainda, as beads ProNex® Chemistry possuem um menor custo e funcionam melhor quando comparadas às beads ITB da Illumina.

Palavras-chave

COVID-19; Purificação de bibliotecas; Sequenciamento genômico; Testes imunocromatográficos.

Área

Eixo 02 | Tecnologia e Inovação em saúde

Categoria

Concorrer ao Prêmio Jovem Pesquisador - Mestrado

Autores

Jamille Maria Mendes Bezerra, Joaquim Cesar do Nascimento Sousa Júnior, Bruna Maria Nepomuceno Sousa Lino, Antonia Mayra de Morais França, Luzia Gabrielle Zeferino Castro, Clara Norões Nogueira, Thaís Oliveira Costa, Veridiana Pessoa Miyajima, Fábio Marconso Holanda Sales Filho, Fernando Braga Stehling Dias, Fábio Miyajima