Dados do Trabalho

Título

Fortalecimento da vigilância genômica de SARS-CoV-2 e aplicabilidade a outros patógenos emergentes através do redirecionamento de amostras remanescentes de Testes Rápidos de Antígenos

Introdução

A vertiginosa diminuição no nível de testagem por rt-PCR para COVID-19 evidenciou a necessidade em se desenvolver fluxos inovadores de captação de amostras para a manutenção da vigilância epidemiológica no país.

Objetivo (s)

Apresentar evidências da viabilidade metodológica do reaproveitamento de amostras remanescentes de Testes Rápidos de Antígenos (TRs) para o fortalecimento da vigilância genômica de SARS-CoV-2 (SC2) com aplicabilidade a outros patógenos emergentes.

Material e Métodos

Amostras de TR, reagentes para SC2 foram encaminhadas por UBSs dos municípios de Aquiraz, Eusébio e Fortaleza (Ceará, Brasil) para o Laboratório de Diagnóstico do HEMOCE/FIOCRUZ ou da UNADIG/FIOCRUZ (n=1.040). O material genético foi extraído por método automatizado com partículas magnéticas usando volumes variados (200uL ou 50uL) e confirmado por rt-PCR (4-Plex SC2/VOC ou SARS-CoV-2 EDX, Biomanguinhos). Amostras com CT<35 foram sequenciadas pela Rede Genômica da Fiocruz, nas plataformas Illumina MiSeq ou NextSeq2000. Posteriormente, amostras de TR não reagentes para SC2 (n=284) coletadas entre Mar-Mai/2023 em pacientes sintomáticos, foram avaliadas para outros alvos virais com o Kit Molecular INFA/INFB/SC2 (Biomanguinhos). Foram realizadas análises descritivas e testes por inferência bayesiana.

Resultados e Conclusão

A implantação do fluxo resultou em um incremento de 4.2x na captação de amostras para vigilância genômica de SC2. A detecção molecular por rt-PCR foi possível em 94% das amostras de TR testadas (978/1.040), com valor médio de CT de 28.9 ± 3.8 (200 uL) e de 30.2 ± 3.4 (50 uL). Dados obtidos por NGS permitiram a determinação da linhagem filogenética de SC2 em 87,6% das amostras analisadas (n=361/412), apesar do elevado número de eventos intra-hospedeiro encontrados, possivelmente associados a reagentes mutagênicos presentes na composição dos TRs. Análises de inferência molecular permitiram a determinação da linhagem filogenética de quase a totalidade das amostras extraídas. Em relação aos TRs com resultado não-reagente para SC2, foi encontrado uma prevalência de 8,4% para FluA (n=24/284) e 22,8% para FluB (n=65/284), além de 1 paciente com co-detecção com ambos os vírus. Este trabalho evidencia a viabilidade técnica do reaproveitamento de amostras de TRs como estratégia inteligente e de baixo custo no monitoramento genômico de SC2 e outros vírus respiratórios, provendo uma base para uma agenda de vigilância integrada ativa.

Palavras-chave

COVID-19, Influenza, testes rápidos, vigilância genômica

Agradecimentos

Min. da Saúde, DECIT, CDC, UKHSA, FIOCRUZ