Dados do Trabalho

Título

Predição de epítopos de linfócitos T CD8 das variantes Delta, Gama e Ômicron do SARS-Co-V2 in silico

Introdução

Mutações na proteína Spike do SARS-Cov-2 que favorecem o escape dos anticorpos neutralizantes induzidos nas infecções prévias ou pela vacinação, permitindo a ocorrência de reinfecções. A resposta de linfócitos T CD8 auxilia a eliminação de células infectadas por vírus e protege contra formas graves da infecção. A descrição dos impactos das mutações nos epítopos imunodominantes para a resposta de linfócitos T na infecção por SARS-CoV-2 ainda está incompleta.

Objetivo (s)

Predizer regiões imunodominantes da proteína spike das variantes Delta, Gama, e Ômicron e da sequência referência do SARS-Cov-2 para linfócitos T CD8+ in silico.

Material e Métodos

Sequências do SARS-CoV-2 de referência (Wuhan) e das variantes Delta, Gama e Ômicron foram obtidas no GISAID. Os epítopos da proteína Spike foram preditos a partir da avaliação da afinidade das sequências com as moléculas do complexo maior de histocompatibilidade (HLA) mais frequentes na população brasileira através do software NetCTLpan.

Resultados e Conclusão

O número de regiões imunodominantes foi oito na sequência referência, sete na Delta, nove na Gama e oito na Ômicron. As regiões das variantes foram as mesmas da sequência de referência e possuíam 3 a 6 epítopos sobrepostos. Os HLA’s que mais reconheceram epítopos das regiões imunodominantes foram: HLA-A*0102 (n=29), HLA-A*3601 (n=19), HLA-A*0302 (n=18); HLA-B*3501 (n=17), HLA-B*5801 (n=13), HLA-B*5501 (n=13); HLA-Cw-1601 (n=18), HLA-Cw-0202 (n=16), HLA-Cw-0210 (n=16). Mutações estavam localizadas em uma região imunodominante da Delta, em duas da Gama e duas da Ômicron. Em comparação com a sequência referência, as mutações fizeram com que os epítopos fossem reconhecidos por um maior número de HLA’s e novos epítopos passaram a ser reconhecidos. Houve perda de reconhecimento de um epítopo da variante Gama, um da Delta e três da Ômicron. Foram preditos 66 epítopos na sequência referência, 63 na Delta, 69 na Gama e 70 na Ômicron; sendo 59 epítopos compartilhados entre as sequências. Epítopos exclusivos foram mais frequentes na Ômicron (n=8), Gama (n=5) e Delta (n=1), sendo 2 na sequência referência. Conclusão: As regiões imunodominantes da sequência de referência e das variantes são conservadas e as mutações aumentaram o reconhecimento dos epítopos pelas moléculas de HLA.

Palavras-chave

SARS-CoV-2. Linfócitos T CD8. Epítopos. Predição.

Agradecimentos

CNPq Universal 2021 e CAPES financiamento 001.