Dados do Trabalho

Título

VIGILÂNCIA GENÔMICA DE SARS-CoV-2 NO ESTADO DO PIAUÍ

Introdução

A alta taxa de mutação do SARS-CoV-2 possibilita a emergência de linhagens com escape à resposta imune, justificando a manutenção da vigilância genômica como suporte à vigilância epidemiológica. No Piauí foram confirmados 429.696 casos e 8.375 óbitos (em 29/04/23) e pouco se sabe sobre a circulação de linhagens no estado.

Objetivo (s)

Caracterizar a dinâmica molecular de SARS-CoV-2 no estado do Piauí, descrevendo linhagens em circulação de março de 2020 a novembro de 2022.

Material e Métodos

Amostras positivas para SARS-CoV-2 caracterizadas por RT-PCR em tempo real com cycle threshold (Ct) < 27 pelo LACEN-PI foram eleitas para o sequenciamento genômico (protocolo COVIDSeq com adaptações e utilização da plataforma Illumina). As linhagens foram caracterizadas pelo sistema Pango Lineages e correlacionadas com dados epidemiológicos.

Resultados e Conclusão

Há no GISAID 602 genomas de SARS-CoV-2 (em 29/04/23) do estado do Piauí, 0,27% da produção do Brasil (n = 225.472). Destes, 383 genomas (17%) foram produzidos neste estudo que integra a Rede Genômica Fiocruz (RJ/PI). O Piauí é o estado com menor produção de genomas na pandemia e reforçamos a necessidade de melhorar a representatividade para a vigilância genômica local. Didaticamente dividimos a pandemia no Piauí em seis fases: Fase I (março a setembro de 2020), período inicial da pandemia, 98.108 casos e 2.144 óbitos com apenas um genoma sequenciado (linhagem B.1.1.33); Fase II (outubro/2020 a junho/2021), introdução das variantes P.2 (n = 2, 1,6%) e P.1/P.1* (n = 103, 81,7%); Fase III (julho a dezembro de 2021), com co-circulação de linhagens da VOC Gamma P.1/P.1.* (n = 62, 32,6% no período) e Delta AY.* (n = 128, 67,4%); Fase IV (janeiro a abril de 2022) com a substituição da VOC Delta (n = 5, 4,5%) por Omicron BA.1/BA.1* (n = 107, 95,5%); Fase V (maio a novembro de 2022) com a co-circulação de linhagens de Omicron (BA.1/BA.1.* = 21; BA.2/BA.2* = 7; BA.4/BA.4* = 38; BA.5/BA.5* = 80; BE.9 = 1; BQ.1/BQ.1* = 19; DL.1 = 6; XAG = 1); e Fase VI, de dezembro de 2022 a abril de 2023, não será caracterizado neste estudo.
A vigilância genômica possibilita entender a origem e disseminação de novas linhagens, e monitorar variantes conhecidas de SARS-CoV-2. A correlação do número de casos e óbitos com a introdução de linhagens e variantes pode fornecer informações que contribuam na orientação de medidas preventivas de intervenção e controle.

Palavras-chave

COVID-19; SARS-CoV-2; Sequenciamento; Genoma

Agradecimentos

FIOCRUZ, FIOCRUZ/PI, LACENPI