Juan P. Aguilar Ticona concluiu a faculdade de medicina em 2014 na Universidad Mayor de San Andrés em La Paz, Bolívia. Durante essa fase inicial de sua carreira, participou de projetos de saúde pública, com interesse especial em promoção da saúde e prevenção de doenças. De 2014 a 2015, trabalhou como coordenador clínico em um projeto de telemedicina (RAFT-Altiplano) para melhorar o acesso à saúde em comunidades isoladas na Bolívia. Em 2015, recebeu uma bolsa de estudos da Organização dos Estados Americanos (OEA) e da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) para cursar um mestrado na UFBA. Ele completou em 2023 seu doutorado em Saúde Pública no ISC-UFBA. Durante esse período, teve a oportunidade de avaliar o impacto e a prevenção de doenças infecciosas como membro do grupo de pesquisa do Prof. Federico Costa. No último semestre de seu doutorado, recebeu uma bolsa para realizar uma parte de sua pesquisa na Escola de Saúde Pública da Universidade de Yale, sob a orientação do professor Albert Ko.